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Le générique de la série n’avait pas de parole et était seulement instrumental.

Après avoir involontairement résolu un mystère, Martin, 16 ans, est recruté comme Agent Spécial par le Centre, une organisation secrète spécialisée dans les phénomènes paranormaux. Fascinée par les capacités de Martin, MOM, la directrice du centre, ne se rend pas compte que son agent est un risque-tout un peu immature ! C'est pour cela que Diana, sa demi-soeur, rationnelle et disciplinée, a décidé de veiller sur lui et de l'accompagner dans ses aventures. À leurs côtés se trouvent également Java, un homme des cavernes très musclé mais peureux qu’ils ont libéré au cours d’une de leurs enquêtes. Tous les trois vivent dans l’école de Torrington ou Martin et Diana sont élèves et Java l’homme à tous faire. Là, ils mènent une vie normal de jeunes étudiants avec les cours, l’amour puisque Martin drague la jeune Jenny mais dès qu’ils ont une mission à accomplir pour le Centre, ils sont contactés par Billy, un minuscule extraterrestre vert, qui apparait dans une petite soucoupe volante ou sous l’apparence d’un jeune homme qui ressemble physiquement beaucoup à Martin dont il est fan. Billy les amène à MOM qui leur donne des instructions puis par un passage tridimensionnelle les amène directement sur le lieu de l’enquête partout sur Terre. Pour les aider, Martin est équipé par le Centre d’une montre appelé Chrono-scan dans laquelle ont retrouve un grappin, un bâton, un laser entre autre. Ensemble ils défient le paranormal et plongent dans le danger luttant contre fantôme, monstres, créature magique, loup-garou (…) avec pour seul objectif de réussir leur missions et sauver les innocents mais sans jamais pour autant perdre le sens de l'humour !

La série fut diffusée pour la première fois en 2003 sur la chaine du satellite Canal J. Puis elle fut depuis lors régulièrement rediffusée en France sur le câble et satellite sur M6, 6ter et Canal J. Martin Mystère est en fait l'adaptation de la bande dessinée éponyme créée par Alfredo Castelli et Giancarlo Alessandrini chez Bonelli, publiée en France par Sémic dans la revue "Mustang". Cette série est un succès mêlant humour et frisson. Le graphisme et l'animation sont clairement influencés par les mangas, et sont dans le même style graphique que Totally Spies! (également réalisé par Stéphane Berry). On retrouve les influences des films fantastiques préférés du réalisateur, fan de cinéma d'horreur et fantastique des années 1980. Le réalisateur s'est amusé à placer une multitude de clins d’œil tout au long de la série pour ceux qui savent les déceler. Il rend d’ailleurs hommage dans l’épisode 15 à Stephen King et Stanley Kubrick. La série malgré qu’elle n’ai connu que deux saisons est distrayant et agréable à regarder aussi bien pour les plus jeunes qui l’a découvre que pour les adultes.